金華南站是地下雙層島式車站，地下一層為站廳層，地下二層為站臺層。金華南站主體布置在金甌路與湖楊街交叉口處，沿湖楊街南北向呈一字型布置。車站西側(cè)為現(xiàn)代同心閣、麻車塘、翡翠城等住宅社區(qū)，東側(cè)為金華南火車站、站前廣場、火車站地下停車場等。 車站共設(shè)5個出入口，A、B、C、D、E口，其中C口通道是國鐵換乘通道，D口通往火車站地下停車場，E口與金華南火車站出站口相連，實現(xiàn)軌道交通與國鐵“零距離”換乘。全站設(shè)有一個客服中心，2個安檢點（目前啟用1個），站臺中部及A出入口設(shè)有無障礙電梯，在站臺層設(shè)有公共衛(wèi)生間、無障礙衛(wèi)生間、母嬰室等便民服務(wù)設(shè)施。